菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下(如培養基、培養溫度和培養時間等)培養后，所得每克(或毫升)檢樣中形成的細菌菌落總數。菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計的相同微生物集合而成。當樣品被稀釋到一定程度，與培養基混合，在一定培養條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。

菌落總數和致病菌有著本質區別，菌落總數包括致病菌和有益菌，菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，但不能直接說明致病菌超標，要進一步進行致病菌檢測。食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，可能引起嘔吐、腹瀉等癥狀，危害人體健康安全。

按國家標準方法規定，即在需氧情況下，37℃培養48h，能在 平板計數 瓊脂平板上生長的細菌菌落總數，所以厭氧或微需氧菌、有特殊營養要求的以及非嗜中溫的細菌，由于現有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數并不表示實際中的所有細菌總數，菌落總數并不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數，需氧菌數等。

菌落總數檢測常用標準：

食品企業常用的兩個做菌落總數的標準。

食品國家標準：

GB 4789.2-2016 《食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 菌落總數測定》

生產用水：

GB-T5750.12-2006 《生活飲用水標準檢驗方法微生物指標》